陈独秀对杜亚泉的言论进行了犀利的批驳。他坚决驳斥了杜亚泉把“儒术孔道”当作中国不可动摇的“国基”、“国是”，把“君道臣节名教纲常诸大端”之类的“固有文明”当作“统整”中外思想文化的“绳索”，而把西方文化输入说成“直与猩红热梅毒等之输入无异”的言论。他在深刻抨击旧文化卫道者的同时，更高地举起了“德”“赛”二先生的大旗，以民主和科学与封建文化势力相抗衡，在《本志罪案之答辩书》中，他慷慨激昂地宣布：“他们所非难本志的，无非是破坏礼教，破坏礼法，破坏国粹，破坏贞节，破坏旧伦理（忠、孝、节），破坏旧艺术（中国戏），破坏旧宗教（鬼神），破坏旧文学，破坏旧政治（特权人治）这几条罪案。这几条罪案，本社同人直认不讳。但是追本溯源，本志同人本来无罪，只因为拥护那德谟克拉西和赛因斯两位先生，才犯了这几条滔天大罪。要拥护那德先生，便不得不反对礼教，礼法，贞节，旧伦理，旧政治；要拥护那‘赛先生’，便不得不反对旧艺术，旧宗教；要拥护‘德先生’又要拥护‘赛先生’，便不得不反对国粹和旧文学。”表现了与封建文化势不两立的革命精神。
杜亚泉的文化思想与康有为、辜鸿铭、林纾等守旧人物的主张有所区别，但他们在反对新文化运动的基本态度上是一致的，因此，他的言论遭到陈独秀等人的尖锐抨击是理所当然的。杜亚泉通过观察第一次世界大战的灾难和民国初年的乱象，看到了西方文化的弱点，传统文化中有价值的特质的迷失和中西文化融合的必然性，有一定的合理性。但新文化运动倡导者的见解，更深刻地把握了时代的主题。他们的深刻之处在于，从文化的时代性视角出发将中西文化判为不同时代的产物并判定其优劣，确认属于“近世文明”的西方文化在整体上优于作为“古之遗”的中国古代文明，并准确地将现代文明的两大特征概括为“民主”与“科学”，从而为自己的新文化主张奠定了理论基石。