事实上，工商部门也面临着取证难的问题。目前工商部门的执法手段仅限于检查有关财物，查询、复制与案件有关的合同、账册等资料以及询问当事人和证人，但由于缺少查封、扣押等强有力的强制措施，所以取证的难度大大增加。而且由于商业秘密涉及的专业性较强，工商部门要认定对方的侵权行为非常困难。因此，企业在向工商部门举报后，一定要积极配合、协助工商部门。
2.工商部门可以采取的行政手段并不多
《反不正当竞争法》第25条规定，违反该法侵害商业秘密的，“监督检查部门应当责令停止违法行为，可以根据情节处以1万元以上20万元以下的罚款。”
除此之外，《关于禁止侵犯商业秘密行为的若干规定》还规定工商部门可以对侵权物品可以作如下处理：①责令并监督侵权人将载有商业秘密的图纸、软件及其他有关资料返还权利人；②监督侵权人销毁使用权利人商业秘密生产的、流入市场将会造成商业秘密公开的产品。但权利人同意收购、销售等其他处理方式的除外。
此外，因被申请人违法披露、使用、允许他人使用商业秘密给权利人造成不可挽回的损失的，应权利人请求并由权利人出具自愿对强制措施后果承担责任的书面保证后，工商行政管理机关可以：①扣留被申请人以不正当手段获取权利人的载有商业秘密的图纸、软件及其他有关资料；②责令被申请人停止销售使用权利人商业秘密生产的产品。