至此，为时八年的平叛战争胜利结束，这年康熙已二十八岁。这场大规模的战争，锻炼了年轻的皇帝，最初由于经验不足，处理“三藩”问题有些冒失，而后在指挥作战中逐渐走向成熟稳健。他总结自己战争前后的变化说：“前者，凡事视之以为易；自逆贼变乱之后，觉事多难处，每遇事必慎重图维，详细商榷而后定。”其在战后所采取的区别对待，分期分批隐步撤藩的办法，就显得很成熟。这时的康熙清楚地认识到撤藩是巩固大清统治、实现国家统一的根本，势在必行。此时，吴藩在战争中灭亡，耿精忠、尚之信两藩也被削弱，但撤藩方式仍需谨慎。康熙十九年(1680)三月，四川、湖广、广西已平定，即将进兵云贵时，康熙皇帝就暗中着手处理尚之信、耿精忠二藩问题。尚之信归顺朝廷，康熙皇帝指望他能出兵湖南，协助朝廷剿灭吴三桂，然而他却心怀二意，不肯出力。平南王下护卫张永祥、张士进赴京告发尚之信归正后仍怀二心、擅杀无辜诸罪状。广西巡抚傅宏烈也上密疏准论劾尚之信归正后，卖官虐民，抄家充饷，重敛横征，及不服调遣等罪。
鉴于此，康熙于三月初六，命刑部侍郎宜昌阿、郎中宋俄托等，以巡视海疆为名赴广东，会同平南将军赖塔密商处理此事。藩下都统王国栋领会意图，伪造尚之信的母亲舒氏、胡氏揭发其罪行的《告变疏》。尚之信之弟尚之节一怒之下杀死了王国栋，尚藩八千藩兵也于五月十三日夜从广西循归。将军赖塔立即率满兵擒拿尚之节等，经审讯，确认罪状。康熙皇帝为了安抚尚藩军心，稳定局势，于同年八月十三日令尚之信来京核实情况，并非欲治以法；不想解散藩兵，尚之信来京期间，藩兵暂属尚之孝；令诸官兵常念国恩，释去疑虑，各保身家妻子。半月之后准备就绪，才对尚之信及有关人员作出处理。以尚之信不忠不孝，法应当斩，但因曾授亲王，从宽赐死；逆党尚之节、李天植等人按律正法。但对一向忠于清廷的尚可喜，则不因其子反叛而受株连。相反，一再表彰尚可喜忠诚劳苦、坚守臣节的美德，并以其航海归诚，不肯从逆有功，而对其妻舒氏、胡氏从宽免死，并免没收其家产；对其子尚之孝、尚之璋、尚之隆等人从宽，免革职枷责。由于掌握时机，注意策略，区别对待，因而未大动干戈就顺利处理了尚之信。