就是在同一天，张作霖也回到北京，随张作霖入京的就是浩浩荡荡的奉系部队，奉系部队入京之后，就向国民军施压，使其尽快让出北京、保定、宣化等防地，使得国民军将领愤愤难平。30日晚，胡景翼和孙岳专门到冯玉祥府上陈述国民军防区已被奉军胁迫让出的情形，认为奉军对国民军已经构成威胁。三人的会面极为隐蔽，还是被张作霖察觉，张作霖遂于12月2日率奉军全部撤出北京，未及向段祺瑞辞职，就火速乘火车南下天津。张作霖离开以后，冯玉祥也提出辞职，随后便去西山休养，但其所帅军队依然留在北京城内。因为临时执政府的定位是过渡性组织，所以未设总理内阁，实行民主集中制，同时以未参加贿选曹锟的国会议员组成国会之非常会议。在就任执政后，段祺瑞决定召开善后会议，并分别致电孙中山、黎元洪、唐绍仪、章炳麟、岑春煊、王士珍等。
（二）
在击败吴佩孚、软禁曹锟之后，段祺瑞、冯玉祥和张作霖便先后发电邀请孙中山北上。孙中山随即复电段祺瑞，表示“拟即日北上，与诸兄晤商”，但孙中山离开广州之后，是经由日本才又转抵上海，又自上海北上，于1924年12月4日抵达天津大沽口，而此时的北京早已风云变色，张作霖避居天津，冯玉祥闲居西山，二人已经是面和心不和。只有段祺瑞率国民军一、二、三军代表及各团体代表亲自到大沽口码头登船恭迎孙中山，到场欢迎的社会各界人士多达两万余人。孙中山随后下榻日租界张园行馆，并在张园会晤张作霖。因为长途旅行和多年辛劳，加上南北气候差异，孙中山抵达天津后不久就患上了感冒，肝病亦因此发作。