孙思邈出城之后，心想：人挪活，树挪死，也许换个地方就会有所转机。想到此，他坚定了信心，大踏步朝前走去。他一路出潼关，辗转江北数省，经亳州，入小沛，寻访神医华佗、扁鹊遗迹，收集了许多古方、验方，考察众多的药材产地，医术有了很大长进。
不久，孙思邈经济南，到达长山。在那里孙思邈得到郡守裴绪的支持，安顿下来行医。他凭着高超的医术，解决了众多疑难杂症，治好了不少病人，很快声名鹊起。
孙思邈一生淡泊名利，隋文帝、唐太宗、唐高宗多次请他出来做官，他都托病辞而不受。他一生大部分时间生活在农村，为百姓治病。病人来向他求医，不论其贫富贵贱，亲近生疏，他都能做到一视同仁。遇到患传染病的危险病人，他也不顾个人的安危，及时为病人诊治。他高尚的医德颇受世人敬重，当时的大学士宋含文、名士孟诜和初唐四杰之一的卢照邻等均以“师资之礼”待他。擅长针灸的太医令谢季卿，以医方针灸著名的甄权、甄立言兄弟，长于药性的韦慈藏，唐初名臣魏徵，都是他的好友。
