在破坏铁路、阻断交通及通信工具的同时，义和团民众对外国人，尤其是传教士几乎到了见了必杀的仇视程度。6月1日，义和团民众对由清军护送的30余名保正路的外国工作人员强行拦截，并将其中的几名杀死。同一天，直隶顺天府永清县的数百名义和团民众于清晨攻入县城，公然焚毁教堂，杀死了英国教会传教士一名，带走了另一名传教士，将他囚禁在邻近的一个村庄里，并于第二天将其杀死。直隶雄县的义和团也于同一天围攻八方村教堂，威胁传教士及教民的安全。也在这一天，直隶蠡县高家庄的教堂被义和团焚毁，损失惨重。
6月2日，京师的义和团放火焚烧麦加利银行，天津的义和团在这一天放火烧毁苏家桥的教堂。直隶晋州彭家村的义和团在这一天放火烧毁该村及吕家村教民房屋数间。
6月4日，保定以南之清苑县的义和团与该县教会武装发生大规模军事冲突，当地义和团民迅速集结外来团民约两千人与教会武装相对峙。至于前往镇压的官军，义和团在与其相对峙的过程中也不让分毫，甚者毫不客气地予以打击，如聂军部属就多次在与义和团的冲突中受到一定程度的伤亡。凡此，迅猛发展的义和团不仅成为清廷有识之士的心头之患，更是各国公使难以安寝的因素。
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