秦始皇根据御史大夫冯劫和左相李斯对上述儒生、方士的案情终审，立即诏示，对这四百六十五人处以活埋处死的酷刑，满朝文武都缄口无言，因为都知道秦始皇正在盛怒之中，进谏不但无效，反而会危及自身，所以只盼望宣布退朝，好回家闭门自保。但仍有一位忠贞之士挺身而出，他便是秦始皇的长子扶苏。只见他从文班中走出，紧行几步，先喊了一声“父皇!”然后长揖而跪，语重心长地说： “父皇扫平六国，迄今十载，天下初定，但远方黔首尚未归心，端赖宽怀宏德，施以教化，自可顺应而驯服。而教化之功，首推儒术，以仁恕为怀，孝悌为本，修身齐家，自然忠君报国。儒生博士之劝谏，皆为父皇及社稷着想；言或有失，其忠心可鉴。若处之以重刑，似有畸重之处，恐招致民心震动，社稷不安。万乞父皇三思，宽容赦罪!儿臣不胜感恩之至!”说罢，竟放声大哭起来。
他的这番恳切中肯之诤谏，不但没能劝动其父的狂情烈性，反而摆了龙颌下的那片逆鳞，秦始皇紧蹙眉头，怒形于色地呵斥他说： “诸儒生、方士皆诽谤朝政，诬蔑朕躬，奸利相谋，蛊惑黔首。御史等量刑颇当，何容汝来干预。好不放肆!"
扶苏感到这四百多人实在死得太冤枉了，还想据理力争，但“父皇"二字刚出口，就被秦始皇厉声喝止住了，并悍然命他说： “汝在此大失体统，干扰朝政，着即去北疆上郡，襄助蒙恬治军，明日即行，不得延误!”